Początki działalności zakładu przypadają na lata dwudzieste XX wieku. Budowę Elektrowni Elbląg zakończono w 1928 roku. Elektrownia posiadała 4 kotły z paleniskami pyłowymi, 2 turbozespoły o mocy 8 i 10 MW, urządzenie centralnego przygotowania pyłu z dwoma niezależnie od siebie pracującymi młynami. Działalność produkcyjna Elektrowni miała być oparta na spalaniu dowolnych gatunków węgla kamiennego.
W latach 1936-41 elektrownię rozbudowano o turbozespół o mocy 20 MW. Na owe czasy była to jedna z największych elektrowni na Wybrzeżu. Jednak wskutek działań wojennych elektrownia uległa w znacznym stopniu zniszczeniu.
W 1945 roku powstało przedsiębiorstwo o nazwie Zakłady Energetyczne Okręgu Pomorskiego - Elektrownia Elbląg, które w krótkim czasie zmieniło nazwę na Zakład Energetyczny Okręgu Mazurskiego - Elektrownia Elbląg.
Rozruch odbudowanej Elektrowni Elbląg nastąpił w czerwcu 1946 roku, a jej moc wynosiła ok. 20 MW. W latach 1953-56 elektrownię rozbudowano do 80 MW mocy elektrycznej. Zainstalowano 3 kotły parowe OP-130 o łącznej mocy cieplnej 293 MWt oraz 3 turbozespoły o łącznej mocy elektrycznej 62 MWe.
W wyniku wzrostu zapotrzebowania Elbląga na ciepło w wodzie i w parze, w latach 60-tych elektrownię zmodernizowano i przystosowano do pracy w charakterze elektrociepłowni (produkcja energii cieplnej w skojarzeniu). Po modernizacji zakład zapoczątkował działalność pod nazwą Elektrociepłownia Elbląg. W tym czasie wybudowano sieć cieplną w Elblągu i Elektrociepłownia Elbląg przejmowała stopniowo od ciepłowni lokalnych pokrycie potrzeb cieplnych całego miasta.
Do 31 grudnia 1979 roku Elektrociepłownia była samodzielnym zakładem w wielozakładowym przedsiębiorstwie Zakłady Energetyczne Okręgu Północnego Bydgoszcz. W latach 1980-1996 funkcjonowała jako część Elbląskich Zakładów Energetycznych, a od 3 lutego 1997 roku funkcjonuje jako samodzielny podmiot gospodarczy – Elektrociepłownia Elbląg Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością. W 2009 roku zmieniono nazwę Spółki najpierw na ENERGA Elektrociepłownia Elbląg Sp. z o.o., od 30 września 2009 roku na ENERGA Kogeneracja Sp. z o.o.
Od 1 stycznia 2010 roku ENERGA Kogeneracja Sp. z o.o. rozszerzyła działalność o trzy nowe obiekty – ciepłownie w Żychlinie i Wyszogrodzie oraz elektrociepłownię w Winnicy. Akwizycja nowych źródeł ciepła jest jednym z celów strategicznych ENERGA Kogeneracja Sp. z o.o. Działania prowadzone przez Spółkę w tym obszarze mają na celu ekspansję poza dotychczasowy, lokalny obszar działania.
Pod koniec 2012 roku ENERGA Kogeneracja powiększyła dotychczasowy obszar działania się o trzy spółki - ENERGĘ Elektrociepłownię Kalisz, ENERGĘ OPEC w Ostrołęce oraz Zakład Energetyki Cieplnej Sp. z o.o. w Żychlinie, co spowodowało zwiększenie mocy wytwórczych oraz rozszerzenie działalności EKO o dwie spółki dystrybucyjne.
W kwietniu 2013 roku ENERGA Kogeneracja Sp. z o.o. nabyła większościowy pakiet udziałów w spółce Ciepło Kaliskie w Kaliszu. Ciepło Kaliskie zarządza zintegrowanym systemem ciepłowniczym w ponad stutysięcznym mieście. Spółka posiada źródło ciepła, sieci i węzły cieplne służące rozprowadzaniu energii cieplnej na terenie miasta oraz lokalne kotłownie gazowe.
Obrecnie ENERGA Kogeneracja Sp. z o.o. prowadzi działalność operacyjną w czterech lokalizacjach (Elbląg, Kalisz, Żychlin, Wyszogród) i posiada udziały w spółkach: Energa Ciepło Kaliskie Sp. z o.o. (pakiet większościowy, drugim udziałowcem jest Miasto Kalisz) i Energa Ciepło Ostrołęka Sp. z o.o.
